（1）              日常维护管理监管职责不明确。农村生活污水处理设施建设指导主管部门涉及三个部门，最早实施的“百万农户生活污水处理工程”是由市能源办牵头;“百千”工程中涉及的由市农办牵头，生态市建设“1250”工程中涉及的，主要是市环保局在牵头。由于对农村工作来说生活污水治理 是一项新的工作，近几年以建设为主，因此，到目前为止，作为市 、县两级层面基本没有出台正式文件，明确提出具体的机操作的加强管理方面的文件;乡镇作为农村最直接的行政主管机构，目前大多数也还没有落实监管职责，即使有，也是停留在制度上。

（2）              日常维护管理人员作用不发挥。虽然在建设时要求各村落实长效管理机制，各地也作了一些探索，如余杭区，采取了“谁施工谁负责”的方式;萧山、临安、建德、富阳、桐庐等地则普遍采取“落实村级兼（专）管员”的方式进行长效服务管理。但真正落实人员并开展工作发挥作用的并不多。

（3）              部分处理设施运行不正常。2011年对全市不同农村地区的100个农村生活污水处理设施运行、水量、水质情况进行了抽检。有部分农村污水处理设施出水未能达到设计出水要求，在微动力的耗电设备风机、回流泵等没有正常运转，人工湿地中的枯枝败叶没有及时清运，枯死植物没有及时更换等，均是处理实施的维护、监管未能及时跟进的原因。同时在抽查中也发现了部分污水处理设施的纳管系统不完善、农户纳入率低、雨污不分流等情况较为常见。

（4）              日常维护管理资金不到位。运行过程中需要定期清渣，定期更换填料和滤料，对破损的管网和渗漏的池体进行维修等，这些都需要经费。但日前绝大多数村无法落实，市、县和镇三级财政也还没有出台相应的扶持政策。